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菌种储存便是利用特殊方式让菌种处于一个与外界气体阻隔的状态。菌种储存的原理就是通过降低菌种的含水量、减少培育成功含有的营养成分。利用高温或者低温的手段减少和空气接触，使其处在一个半休眠或是休眠的状态。降低菌种的变异概率，保持良好的遗传基因。
一、菌种的制作方法生活中所常见的菌种大部分是以食用为主，我们国内培育食用菌种的历史非常悠久，早在1950年上下已经开始用传统手工制作栽培蘑菇和木耳。尤其是以双孢菇为代表的菌种，菌种最基本的培育方法就是原种培育，利用麦子和一些农作物用滴水渗入的方法来制作。
目前市面上应用最普遍的菌种栽培方式主要以培养液为主，就是把原种菌种完整的保留下来，通过分析菌种的生长环境来，建立密封的基地培育。首先需要适宜的温度和科学的培育基地，菌种在繁殖培养之前用酒精喷撒进行消毒，避免在培养初期有病虫损害，每天记录菌种生长状态，及时发现问题，调节培育方法。
扩展阅读为保证保存后复苏菌种的活力通常选择在对数生长期，此时菌种生长最为活跃。作为菌种保存的时期可以保证菌种复苏后的活力。
包含了《可用于食品的菌种清单》的33种类型的广谱益生菌，菌种的多样性，就有更多的可能，让不同的菌种长期保存在人体内，持续发挥作用。
每批种子库都应按规程的要求进行保管、检定和使用。为了保障生物制品的安全性，必须对其进行严格的检测，确定其达到相关技术标准要求。耀海生物的菌种库建立以及菌种保存均是依照国家GMP体系的要求执行，并且为了确保产线的稳定运行与菌种库的安全，耀海生物还将WCB单独存放。
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